康熙四十三年 (1704)，朝廷派包衣昂邦赫奕、内侍李环、太仆寺少卿格尔芬到米乐m6 进香，“赐银三百两”。次年又赐御书“九华圣境”。四十八年(1709)再次派内务府广储司员外郎乌尔胡到米乐m6 进香，并赐银百两。乾隆三十一年 (1766)，乾隆帝赐御书“芬陀普教”，并遣钦差普福(江宁布政使)朝山进香。

地方官府也对米乐m6 佛教以大力支持。清初，米乐m6 戒坛乏人，安徽巡抚(曾任池州知府)喻成龙亲往浮山(安徽枞阳县境内)，三请兴斧和尚来九华，“始获提倡宗风，敷演戒律”。

由于官绅和信徒的捐助，清中叶全山新建和扩建了众多寺宇，化城寺拥有72所寮房，其中一些寮房又自称“禅林”或“禅院”，后相继分衍出祇园寺、百岁宫、东崖寺等丛林，寺僧达三四千人之多。周赟在《米乐m6 志·化城寺僧寮图记》中写道：“天下佛寺之盛，千僧极矣。乃九华化城寺，当承平时，寺僧且三、四千人。寺不能容，则分东西两序；又不能容，各分十余寮至六、七十寮之多。于是各立门户”，“香火之盛甲于天下”。

清咸丰三年至同治二年(1853～1863)，太平军与清军激战于米乐m6 一带，加之太平军的反佛行为，大多数寺宇毁于战乱之中，化城寺周围仅剩1O余所寮房。但佛教主刹化城寺住持，传至步云禅师已309代。据2007年发现的步云禅师墓志铭记载，步云禅师于道光十八年（1838）圆寂，足见禅宗在米乐m6 的传承十分悠久。

此后，清廷陆续用30多年时间恢复米乐m6 佛教。光绪年间，朝廷向米乐m6 甘露寺、百岁宫等寺3次颁赐《龙藏》各一部。绅商及信徒也竞相捐输。光绪十五年至十七年（1889—1891）贵池信士刘含芳经手募缘修建化城寺的钱币即达16300余缗（1缗为古币一千文）。当时修复的寺院20余座，并兴建了一些茅蓬、精舍。至清末九华全山有寺庙达15O余座，其中有名的新寺是旃檀林、九莲庵、天然庵、天池庵、华云庵、吉祥寺、心安寺、松树庵、西竺庵等。祇园寺、甘露寺、东崖寺、百岁宫四大丛林开始形成。

清末，米乐m6 佛教对外扩展交流已发生，或依托本山本寺积累的资本，在外地建寺院或购买不动产（如庄田）；或依托本山本僧的名气威望，兼任他地寺院住持，如智妙等。

清代米乐m6 佛教以禅宗为盛，其中临济、曹洞二宗相峙，以临济宗占优势。康熙六年（1667）临济名僧玉琳（通琇）国师朝礼九华，传教说法，受他的影响，其高徒宗衍建的“上禅堂”，洞安建的“甘露庵”（甘露寺的前称）均先后成为丛林。明末清初，临济僧人古涧从普陀山来九华，住莲花洞数十年，倡导农禅，皈依者日众，遂成丛林。咸同年间（185l—1875）百岁宫住持僧宝悟同江南诸寺的宝初、宝月、宝印等被禅门称为“临济四宝”。清《高僧传》称他们是“弘演化道”，“一时宗匠”。清末，江南禅门“五老”之一的清镕（冶开）、近代高僧虚云等各传禅道于九华，一时宗风大盛。

曹洞一系，入清以来在米乐m6 渐有崛起。释明雪（瑞白）住持聚龙庵，是清初有名的宗师，为曹洞宗云门系第二十八世。光绪年间，祇园寺住持大根是曹洞宗有名的禅宿。其后，释宽慈、宽扬等相继整肃禅规，继续保持“临济宗、曹洞法”的状况。百岁宫从释明雪起，“演二十八字”，自成一系，发展为曹洞宗的另一分支。至清末、民国初住持僧月朗被尊为第四十一世传人。

清代米乐m6 僧人中能诗工书者有杜多、敬简、力堂、心静、尘空、了然、神驹等。名僧有洞安、明雪、兴斧、隆山、圣传、月霞、宝悟、大根等。